Existem evidências de que o primeiro destilador teria se criado na região da Mesopotâmia aproximadamente há 3000 a.c.. Entretanto, a primeira destilaria construída especificamente com a finalidade de produzir bebidas destiladas apareceu no século XIII na China. De acordo com a lenda, o shochu teve origem na China.

Entretanto, não se sabe exatamente o período da origem do shochu no Japão, embora as primeiras descrições sobre o shochu sejam datadas do início do século XV na província de Kyushu (arquipélago sul do Japão). Porém, há muitas evidências de que as técnicas de produção do shochu foram introduzidos no Japão através da Indo-China, passando pela Coréia e finalmente chegando as ilhas de Ryukyu (atual Prefeitura de Okinawa). Posteriormente, essas técnicas foram introduzidos em Okinawa através do arquipélago de Amami Ooshima, chegando-se a província de Kagoshima, onde atualmente é considerado a terra do shochu. A partir daí, essas técnicas foram expandido para o norte, passando pelo todo território do Japão.

No Brasil, essas técnicas de produção do shochu foram introduzidas graças ao espírito empreendedor do imigrante japonês, o empresário Norihito Matsuda, natural de Gunma, com auxílio do também imigrante, o engenheiro agrônomo Shigeki Matsumura, natural da província de Kagoshima, que após empenharem vários anos em intensas pesquisas, conseguiram produzir o primeiro shochu 100% brasileiro com matéria-prima típica brasileira, a mandioca orgânica. Além de ser considerado o primeiro shochu de produção nacional, é também considerado o primeiro shochu orgânico de mandioca do mundo.
Segue abaixo, alguns exemplos de shochu’s originais com características regionais, hoje as mais tradicionais, que foram sendo criadas a medida em que as técnicas de produção eram introduzidas nas novas regiões:

1. Awamori (Okinawa): Shochu produzido em Okinawa (arquipélago Sul do Japão), é produzido a partir de arroz.
2. Grain shochu: Originado no início do século XVI na região sudeste do arquipélago de Kyushu, é produzido a partir de uma variedade de grãos como milho.
3. Imo shochu: Originado nos meados do século XVII na província de Kagoshima, é produzido a partir da babata doce.
4. Mugi shochu: Originado no início do século XIX na província de Nagasaki, é produzido a partir do trigo.
5. Kokutou shochu: Originado há poucas décadas atrás na ilha de Amami Ooshima, é produzido a partir do açúcar mascavo.
6. Cassava shochu: Originado em 2003 na cidade de Mogi das Cruzes/SP, é o primeiro shochu brasileiro produzido a partir da mandioca orgânica.

Além dos shochu’s listados acima, cada região ostenta seus próprios ingredientes e história da criação do seu shochu.